L'histoire de Final Fantasy VIII s'ouvre sur un duel entre Squall Leonhart et son rival Seifer Almasy, lors d'une séance d'entraînement à l'extérieur d'une académie militaire appelée " Garden ". Durant le combat, les deux étudiants se blessent le visage l'un de l’autre et rentrent au Garden pour se faire soigner . Squall doit alors passer la première épreuve pour devenir SeeD (mercenaire au nom de son université) : vaincre Ifrit, une Guardian Force (nommée chimères dans les autres final fantasy) habitant dans la Mine de soufre à proximité de l'université. Pendant ce temps-là, Galbadia, enemmi de " Garden ", présidé par Winzer Deling, envahit Dollet, petite ville près de la B.G.U, forçant Dollet à engager le SeeD de la Balamb Garden University (aussi appelée B.G.U.) comme aide. Le SeeD utilise cette mission comme examen pour leurs étudiants éligibles et, avec l'aide de son instructeur Quistis Trepe, Squall passe sa seconde épreuve. Alors que le SeeD se prépare pour l'assaut, Squall est assigné à une équipe d'attaque avec Zell Dincht et Seifer. À Dollet, Seifer abandonne l'équipe à mi-chemin, obligeant Selphie Tilmitt à rejoindre Squall et Zell pour la fin de la mission. Après que le joueur a fini la mission, le SeeD arrête l'avancée de Galbadia ; Squall, Zell et Selphie accèdent au statut de SeeD, et Seifer est recalé pour avoir agi seul.
Peu après être monté en grade, Squall rencontre une jeune femme nommée Linoa Heartilly. Le SeeD lui confie alors sa première mission : aider cette jeune femme dans sa résistance contre Galbadia, avec l'aide de Zell et de Selphie. Squall y apprend alors qu'une sorcière nommée Edea est le cerveau derrière les attaques de Galbadia. Edea tue bientôt Deling et Galbadia devient une dictature impériale. Sous les ordres de la Galbadia Garden University et de la B.G.U., Squall et son équipe essaient d'assassiner la sorcière. Malgré une exécution presque parfaite du plan c'est une défaite et l'équipe est emprisonnée. Squall apprend que Seifer a quitté la B.G.U. pour devenir le second d'Edea.
Une aventure époustouflante vous attend dans ce jeu ainsi que de nombreuses péripéties...