Final Fantasy prend place dans un monde fantaisiste non nommé divisé en trois continents. Les pouvoirs élémentaux sont gouvernés par quatre cristaux : terre, feu, eau, et vent.
Durant les siècles précédant le jeu, des orages violents coulent le palais qui servait de centre à une civilisation océanique, la mer s'épuise, et le cristal de l'eau devient noir. Durant approximativement la même période, les Lefeinish, qui avaient utilisé le pouvoir du cristal du vent pour construire des stations spatiales géantes (les "forteresses volantes") et des vaisseaux, ont regardé leur pays aller vers sa perte alors que le vent s'essouffle après que le cristal de vent soit devenu noir. Le cristal de la terre et le cristal du feu deviennent noirs, attaquant le monde avec des feux dévastateurs et rendant le village agricole de Melmond infertile car la terre se meurt. Pourtant, les hommes sont convaincus qu'une prophétie se réalisera, la prophétie de Lukahn : « Devant les ténèbres, quatre guerriers de lumière se dresseront. »
Le jeu commence avec l'apparition des quatre jeunes guerriers de la lumière, les protagonistes de l'histoire. Les guerriers de la lumière portent chacun l'un des cristaux noircis. Ils arrivent à Cornélia, un puissant royaume qui vient de se faire enlever sa princesse, Sarah, par un ancien chevalier du roi, Garland. Les guerriers de la lumière voyagent vers le temple du chaos ruiné au nord-ouest de Cornélia, ils tuent Garland, et ils remportent la princesse chez elle. Le roi en gage de sa gratitude fait reconstruire le pont permettant aux guerriers de la lumière de poursuivre leur route vers les terres du Nord.